明清时期，道教医学得到了迅猛发展，其特点在于道教与医学的深入融合。许多道士不仅精通道术，还擅长医术。自明代开始，道教医学中的许多精髓被吸收进中医理论和临床实践之中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。此阶段，最显著的成就包括命门理论、心肾相交论体系以及奇经八脉思想对养生与临床医疗的影响。
在本草学领域，明代的一些重要人物，如李时珍，在编写《本草纲目》时参考了大量古籍，其中包括许多道教医学著作。顾景星评论说：“其（指李时珍）以神仙自命，岂偶然哉！”此外，《滇南本草》也是一个典型例子，它展示了道教医学对本草学研究产生影响的人物兰茂及其作品。
兰茂是云南省篙明县千户所石羊山人，他通过学习母亲病痛而起兴趣于医药，并经过三十余年的研究 eventually 编撰出了《滇南本草》，这是一部内容丰富且保存完好的地方性本草学专书。在除此之外，他还涉猎内丹养生术、文学、戏曲绘画及地理等多方面，有着丰富著述。
另外，孙一奎也是一个受益于道教思想并将其应用到医学上的典型。他认为习医者应当参考“天地”、“阴阳”等宇宙观念来理解人体机能，从而创作了《赤水玄珠》、《医旨绪余》等重要医书。在他的作品中，不乏援引丹方及炼制法则，对后世有所启发。此外，他还提出了命门——肾间动气论，对传统中医疗疗方法有重大贡献。
总结来说，明清时期，以 道家法术为基础进行自学的人们，如兰茂和孙一奎，他们不仅掌握了一手治疗疾病的手段，还融会贯通了自然界与人类生命之间的关系，为传统中国文化做出巨大贡献。
