在明清时期，道教医学蓬勃发展，其特点主要体现在与医学的深入融合以及对中医理论和临床实践的重要贡献上。道教医家不仅精通道术，也擅长医学，他们将道教的养生学理与传统医学相结合，为中医理论的创新和养生学的繁荣做出了巨大贡献。
明代是一个充满创新的时代，许多道教医家取得了显著成就。李时珍在编写《本草纲目》时，就参考了大量道教医学著作，这反映了明代医疗实践中的道教影响。在云南，本草学也得到了发展，如兰茂所编辑的地方性本草《滇南本草》，这部书籍是典型代表其对本草学影响的一种方式。兰茂不仅精通医药，还擅长内丹养生术、文学、戏曲、绘画等多方面，并有丰富著述。
《滇南本草》是一部保存最完整、内容最丰富的地方性本草专书，对后世植物学研究产生了重大影响。而孙一奎则以其融合道家的思想于医学观念而闻名，他认为习医者应借鉴“天地之理”，并从罗浮山上的罗浮先生那里得到启发，将自己的作品命名为《赤水玄珠》。
此外，周慎斋提出了心肾相交理论；傅青主在妇科学领域作出卓越贡献；祝登元则以内丹炼养作为治疗心因病症的手段。他们都将 道教思想融入到他们的医疗实践中，使得传统中国医学更加完善和系统化。随着时间的推移，明清期间出现的一些新特点，如命门理论的心肾相交论，以及奇经八脉理论，都成为指导养生和临床治疗的一个重要依据。这段历史标志着中国传统文化中的宗教与科学之间更加紧密的联系，同时也是现代中医疗法研究的一个宝贵资源来源。