在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多医家兼具道术与医术。自明代起，道教医学的精髓被融入中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。其中，命门学说和心肾相交理论得到了成熟，而奇经八脉成为养生与临床指导思想。
这段期间出现了一些杰出的医疗专家，他们将道教思想融入医学之中取得了显著成就。李时珍在编写《本草纲目》时参考了大量道教医学著作，这反映出其对神仙修炼有深厚兴趣。而兰茂，以其本草学著作《滇南本草》为代表，对本草学产生了重要影响。这部作品不仅内容丰富且保存完整，是我国古代地方性本草学专书中的典范。
孙一奎则以其《赤水玄珠》等作品，在传统医学发展史上留下了深刻印记。他受到道教影响，认为习医者应参考“道理”，并援引多种丹方及炼制法于其医书。此外，他还提出了命门——肾间动气论，为后世提供了解释生命活动源泉真气发动之机制的重要依据。
此外，还有一些其他医家如周慎斋、傅青主、祝登元等，也基于对道家的理解，为传统医学贡献了新的见解。随着时间的推移，明清时期的一些优秀医家将他们所掌握的知识逐渐汇集到现代中医疗疗体系之中，使得整个传统医疗体系更加完善。