孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖，字灵秀。祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世代奉行五斗米道，是永嘉南渡时期的一族。在其叔父孙泰（字敬远）师从杜子恭后，继承了他的道法，被人们尊敬信仰。东晋时期的黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都曾对孙泰表示敬意。
当王恭之乱爆发于隆安二年（398年），孙泰以讨伐王恭为名，私下聚集了一千多人准备起事，但未能成行，因而被司马道子父子诛杀。孙恩逃到海岛，并在那里收集了百余名追随者，以复仇为目的。他在隆安三年趁着民心涣散之际，从海岛攻克上虞，再破会稽，杀害了会稽内史与五斗米道徒王凝之。
随着民众群体响应，他率领起义军占据了会稽八郡，并自称“征东将军”，设立官职，将追随者称作“长生人”。他向朝廷提出诛杀会稽王世子及扬州刺史元显父子的要求。但是，这一动荡也引发了更多的盗贼活动，使得整个畿内戒严。
为了镇压这次起义，东晋政府派遣谢琰率重兵前去讨伐。经过一系列激烈的战斗，最终谢琰击败并消灭了部分起义军头领，而孙恩则带领二十万男女撤退到海岛后再次失败，最终在元兴元年（402年）三月自沉于临海。这场由五斗米道信仰所驱动的反抗不仅影响到了当时社会，也促进了南北朝时期天师道和其他宗教势力的发展。而关于孙恩及其运动，有《隋书·经籍志》中记载的《孙恩集》已失传。