在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在两方面：一是道教与医学的结合更加紧密，许多道士精通道术并兼具医术；二是自明代起，道教医学的精华被吸收到中医理论和临床实践中，不仅促进了传统医学理论的创新，还推动了养生学的繁荣。其中，最显著的成就包括命门理论、心肾相交论体系，以及奇经八脉学说的确立。
李时珍在编写《本草纲目》时，就广泛参考了晋朝以后的大量道教医学著作，这反映出明代对本草学有着深远影响。例如，《滇南本草》由兰茂所编辑，是地方性本草学著作中的一个典范。兰茂不仅擅长于医药技术，而且对内丹养生术、文学、戏曲绘画以及地理也颇有造诣，他的多部著作至今仍为研究者所重视。
《滇南本草》作为我国古代最为完整的一部地方性本草学专书，在植物分类和药用价值等方面具有重要价值。清代植物学家吴其浚在其名著《植物名实图考》及续编中引用了该书中的70条资料。
孙一奎则是一位受道教影响深远的医家，他认为习医者应参考“道理”，因此他的医书如《赤水玄珠》和《医旨绪余》，都体现了一种将仙丹入药思想融入医疗实践之中的观念。此外，孙一奎还提出了命门——肾间动气论，并将此应用于医疗领域，对传统医学理论产生了积极影响。
此外，还有一些其他融合道教与医学思想的人物，如周慎斋提出的心肾相交论、傅青主关于妇科学临床治疗手段，以及祝登元直接运用内丹炼养治疗心因病症等，他们都为后世留下了一定的贡献。在这个过程中，道教医学逐渐成为传统中医疗疗体系的一部分，为后世继承发扬提供了坚实基础。
