在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在三个方面：首先，道教与医学的结合更加紧密，许多道士兼具医术知识。随着时间的推移，这些医学成果被融入到了中医理论和实践之中，为传统医学的创新提供了强大动力。其次，命门理论、心肾相交理论得到了进一步完善，并影响了养生学与临床医疗的指导思想。此外，还有许多著名医家如孙一奎等，他们受到了道教内丹术的影响，对传统医学做出了重要贡献。
李时珍在编写《本草纲目》时，就参考了大量古代道教医学著作，这书中引用了440多种书籍，其中包括40多部关于道家的著作。顾景星评价说：“他以神仙自命，不是偶然。”此外，《滇南本草》，由兰茂编辑，是对本草学领域的一次重要贡献。兰茂不仅精通医药，而且对文学、戏曲、绘画等也有所造诣，他撰写了多部著作，如《滇南本草》、《医门览要》及炼养作品《性天风月通玄记》、《声律发蒙》、《玄壶集》。
《滇南本草》的价值和影响也非常显著，它在植物学上被后世学者广泛引述。在清代，有植物学家吴其浚就从该书中引用70条资料。在医疗实践上，孙一奎将道家“性命双修”的理念应用于他的治疗方法，他认为这可以帮助理解人体生命活动。他还提出了命门——肾间动气论，对传统医学产生了深远影响。
除了这些人物，还有其他一些融合道教思想的医家，如周慎斋、傅青主和祝登元，他们都对后世留下了一定的遗产。在这一时期，虽然各个宗派之间存在竞争，但他们共同促进了传统中国文化中的科学技术进步，使得中国成为世界文明史上的一个重要组成部分。