在明清时期，道教医学迎来了蓬勃发展的局面，不仅理论成果丰富，而且在实践中也取得了显著的成就。道教与医学之间的联系更加紧密，许多道士兼具医术，他们将道家哲学中的理念融入到医疗实践中，为传统医学带来新的视角和方法。
其中，李时珍在编撰《本草纲目》时，就广泛参考了大量道教医学著作，其对本草学的贡献是明代的一大特色。兰茂所著《滇南本草》，则是 道教医学对地方性本草学影响的一个典范。他不仅精通医药，还擅长内丹养生、文学、戏曲、绘画等多方面知识，其著述甚丰，对后世有重要影响。
孙一奎作为一个代表，他受到了罗浮道人的指点，将其医书命名为《赤水玄珠》，体现了他深厚的道家思想。在他的作品中，我们可以看到他援引了许多仙方及其炼制法，这些都反映了他对于仙丹之术的研究和应用。此外，他还阐述了一系列关于命门理论和心肾相交理论，使得这些观点早于其他一些代表人物出现，对明代传统医学理论发展产生了积极作用。
此外还有周慎斋、傅青主、祝登元等人，他们各自在不同的领域内也有着重要贡献，如建立心肾相交论体系，以及从事妇科临床研究等，都为后世留下宝贵遗产。
总之，在明清时代，虽然宗教与科学分离，但 道家思想依然渗透到医疗实践中，为传统中国医学注入新活力，同时促进其不断发展。
