在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多道士兼具医术。自明朝开始，道教医学的精髓被吸收进中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新以及养生学的繁荣。其中，命门理论、心肾相交论等成为了养生与临床指导思想。
明代见证了道教医学的大幅发展，并产生了一批融合道教医疗理念的人才，他们取得了显著成就。在本草学领域，李时珍在编撰《本草纲目》时参考了大量道教医疗著作，这一影响深远。兰茂所编写的地方性本草《滇南本草》同样反映了道教对本草学贡献。
除了兰茂，他还涉猎内丹养生术、文学、戏曲绘画及地理，对他的著述颇有研究。此外，《滇南本草》作为我国古代最为丰富完整的地方性本草学专书之一，被后世植物学家如吴其浚引用并广泛引用。
孙一奎是另一个典型代表，他受到了罗浮老人的指引，在其医书《赤水玄珠》中融入了仙丹治疗法，并提出命门——肾间动气论，为传统医学理论的发展做出了重要贡献。
此外，还有一些医家，如周慎斋提出了心肾相交论；傅青主通过《傅青主女科》的著作为后世妇科学提供了解答；祝登元则以内丹炼养为主要治疗手段在临床上解决心因病症的问题。
总之，在明清时代，随着两者的结合，使得传统中医疗法更加完善，同时也推动了一系列新的理论和方法出现，从而使得这两个领域都发生了巨大的变化和发展。