在明清时期，道教医学得到了迅猛发展，这一时期的道教与医学关系更加紧密，许多道士兼具医术。自明代起，道教医学的精髓被吸收到中医理论和临床实践中，不仅促进了传统医学理论的创新，还推动了养生学的大盛行。
其中，最显著的成就是命门理论、心肾相交理论以及奇经八脉论体系，它们成为养生学与临床医疗不可或缺的指导思想。明代见证了多位融合道教与医学知识的大师，他们对本草学尤其有着深远影响。例如，《本草纲目》的作者李时珍，在编撰过程中大量引用晋朝以前及后来的道教医书，其中包含40余种典籍。
云南地方药物专著《滇南本草》也是这一时期对本草学贡献的一个例子。这部书由兰茂所编写，他不仅擅长于医药，而且在内丹修炼、文学、戏曲绘画等领域都有造诣，其著作颇为丰富。
《滇南本草》以其内容全面且保存完好，被视为我国古代最重要的地方性本草学著作之一。在植物分类领域，清代植物学家吴其浚提及了这部书中的70条资料。而孙一奎则是代表该时代医家的基础理论创新者。他将道家性命双修之理应用于医学，并撰写了《赤水玄珠》和《医旨绪余》，这些作品在传统医学史上占据重要地位。
此外，如周慎斋提出了心肾相交论；傅青主致力于妇科治疗；祝登元则将内丹炼养作为治疗手段。此类融合神仙方剂与人间疾病治愈的智慧，使得明清期间的中国传统医疗取得了一系列重大突破，为后世留下宝贵遗产。
