在明清时期，道教医学经历了繁荣的发展，其特点主要体现在与医学的密切结合上，以及许多道门中人精通道术又兼擅医术。自明朝开始，道教医学的许多精华成分被吸收到中医理论及临床实践中，这促进了传统医学理论创新和养生学繁荣。此阶段的标志包括命门理论、心肾相交论等的成熟，以及奇经八脉成为养生与临床指导思想。
明代，出现了一批融合道教与医学思想的大师，他们取得了显著成就。例如，对本草学有重大影响，如李时珍编撰《本草纲目》时参考了大量道教医籍；兰茂编辑的地方性本草《滇南本草》，显示出道教对本草学影响之深远。除了这些，本书还提到了孙一奎，他受到了罗浮老人的指引，将其医书命名为《赤水玄珠》，并且援引了许多丹方及其炼制法。
此外，还有其他如周慎斋、傅青主、祝登元等医家，他们也对传统医学理论作出了贡献。周慎斋确立的心肾相交论；傅青主在妇科学方面留下宝贵遗产；祝登元将内丹炼养作为治疗手段。
总之，在明清时代，随着道教与医学更紧密的结合，它们共同促进了传统中医疗理和实践上的创新，使得这一时期成为中国传统医学发展的一个重要里程碑。