在明清时期，道教医学得到了飞速发展，呈现出新的特点。首先，它与医学的关系更加紧密许多道门中的修士既精通道术又擅长医术。自从明朝开始，这些医学的精华被融入到中医理论和临床实践中，促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。这一时期最显著的标志是命门理论、心肾相交理论以及奇经八脉理论，它们成为养生与临床治疗不可或缺的指导思想。
明代见证了许多将道教哲学融入医学实践的大师，他们取得了令人瞩目的成就。在本草学领域，其影响尤为巨大。李时珍编撰《本草纲目》过程中参考了大量古籍，其中包括晋代以来的多部关于医疗方面的小册子。顾景星评价李时珍：“其以神仙自命，岂偶然哉！”此外，《滇南本草》由兰茂编辑，是另一例展示 道教对本草学贡献的一个典型案例。
兰茂（字延秀），云南省人，他不仅精通药方，还研究内丹养生术文学戏曲绘画等多个领域。他著有《滇南本草》、《医门览要》及其他多部书籍。此外，他还涉足炼丹术，对于地方性植物进行深入研究，将这些知识整理成书，为后世提供宝贵资料。
《滇南本草》是一部保存最完整、内容最丰富的地方性药物总集，由于它详尽地描述了云南地区各种植物、土壤、矿物等资源，并阐述它们在治疗疾病方面的应用价值，因此对后世有着极大的影响。
此外，在当时还有孙一奎这样的医家，他受到了罗浮道人的指引，将其所著之《赤水玄珠》的名字取自庄子的寓言故事“象目得珠”。他不仅擅长援用仙法来治愈疾病，而且还系统阐述了一些关于肾和命门的问题，如命门位于两肾之间，是生命活动真气发动之处。他对于这类问题提出的看法比赵献可和张介宾更早，因此对当时传统医学有很大的贡献。
除了以上几位，还有一些其他的人也致力于将道教哲学与现代医疗结合，他们如周慎斋提出了心肾相交这一概念；傅青主写下《傅青主女科》，为后世妇科学提供了重要参考；祝登元则专注于通过内丹炼养来治疗心因性疾病等等。
随着时间推移，这些来自不同领域但都注重整合自然元素和精神修行的人们共同努力，使得他们能够不断创新并提升自己的专业技能，最终使得整个社会受益匪浅。在这个时代背景下，我们可以看到一个互补而非排斥的心灵世界，那里人们追求的是一种更高层次的人类存在，而不是简单地追求功利主义目标。
