在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在三个方面：首先，道教与医学的结合更加紧密，许多道士兼具医术知识。其次，对于中医理论和临床实践产生了深远影响，如命门学说、心肾相交理论以及奇经八脉学说的形成。这一时期出现了一批著名的融合道教与医学思想的医家，他们对本草学、内丹术等领域有着重要贡献。
李时珍在编写《本草纲目》时参考了大量道教医学文献，这反映出明代本草学受到了道教医学影响。兰茂所著《滇南本草》也是这一现象的一个典型例子。他不仅精通医药，还擅长内丹养生术、文学、戏曲、绘画等多个领域。
孙一奎是另一位代表性人物，他受到了罗浮道人的指点，并将其对医疗的理解融入到自己的医学观念中。他认为习医者应该参考“道理”，并援引了许多仙方和炼制方法。在他的作品中，我们可以看到他如何将传统文化中的元素融入到现代医疗实践之中。
此外还有其他一些医家如周慎斋、傅青主和祝登元，他们各自在不同的领域都作出了重要贡献。他们的工作进一步证明了明清时期，道教医学不仅为传统中国医疗体系提供了新的理论支撑，而且也促进了该体系向更高层次发展。