在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多道士兼具医术。自明朝开始，道教医学中的精髓被吸收进中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新以及养生学的繁荣。其中，命门理论、心肾相交论的成熟，以及奇经八脉论成为养生与临床指导思想的标志性成就。
明代著名医家如李时珍在编撰《本草纲目》时，便参考了大量道教医学著作，其中包括晋代以来的多部书籍。兰茂所编辑的地方本草《滇南本草》也是这种影响的一个典型例子。这部作品展示了兰茂对医药领域深厚研究，他之所以致力于此，是因为他母亲病重后自己留心学习三十余年，并探究古人精奥，不拘泥枝叶，只注重真效。他不仅擅长医疗技术，还涉猎内丹养生术、文学、戏曲绘画和地理等多个领域，著述丰富。
《滇南本草》是中国古代内容最为丰富且保存最完整的地方性本草学专着之一，它对后世植物学有重要贡献，如清代植物学家吴其浚在其名作《植物名实图考》及续编中引用了该书70条资料。
孙一奎则是另一位受道教影响较深的大夫，他认为习医者应参考“道理”，因此他的两大代表作《赤水玄珠》和《医旨绪余》都体现出了这种观念。在孙一奎的作品中，我们可以看到他援用仙法入药，同时也融合了一些内丹炼制方法，对传统医学基础理论有所建树。他提出了命门——肾间动气论，对现代医疗产生过积极影响。
除了这些知名人物以外，还有一批将道教医学思想融入自己的研究工作的人，他们各自在不同方面做出了贡献，如周慎斋关于心肾相交论、傅青主对于妇科学临床研究以及祝登元直接将内丹炼养作为治疗手段使用等等。随着时间推移，这些来自不同渠道但互补协调的一系列努力渐渐汇聚到传统中医学发展的大潮之中，从而成为其不可或缺的一部分。
