孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾师事五斗米道首领杜子恭，并继承其法术，被人尊敬。东晋时期的官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊崇孙泰。
在隆安二年（398），王恭之乱爆发，孙泰计划以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起义，但被司马道子父子诱杀。随后，孙恩逃往海岛，与几百名信徒结盟，以复仇为目的。在隆安三年，他率领这支力量攻克上虞、会稽，并杀死会稽内史王凝之及五斗米道徒众中的王凝之。这一行动激起了民心，使得“旬日之间”，有十余万人响应他的号召。
随着势力的扩大，孙恩自称“征东将军”，建立了自己的政权，并以长生久视的神话来吸引更多支持者。他要求诛杀会稽王和元显父子，但遭到了东晋政府的反击。当时，一位名叫谢琰的人带领重兵去对付他，在多次战斗中，最终击败了他的部队并逼迫他们退入海岛。
尽管如此，孙恩及其追随者仍然继续战斗，他们相信他已成为水仙，即能长生不老。在元兴元年三月，由于战局逆转和疫病流行，他最终选择自沉于海中，而他的信徒则认为他已经实现了超脱尘世，从而成为了神圣存在。此事件促使了一系列关于天地水三官信仰和长生久视宗教改革，以及南北朝时期天师 道学说的发展。《隋书·经籍志》记载有《孟昶集》共计五卷，这些著作现已失传。