孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。出生于琅琊（今山东胶南县境南），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。其叔父孙泰受杜子恭为师，继承其道法，被人敬信。东晋官员孔、桓、周等都尊敬孙泰。
在王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名私自聚众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与数百名信徒相聚，誓死复仇。在民心骚动的背景下，他率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史王凝之，并迅速占领八郡人民群起响应。
孙恩自称“征东将军”，置立官职，将追随者称为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到谢琰率兵镇压。在多次战斗中，一些妇女甚至将婴儿投入水中，以此表示愿意先行进入仙界。最终，在隆安四五年间，由于给养困难和疫病流行，加上政府加强防务，最终导致义军失败。
作为五斗米道信徒，孙恩相信长生久视的教义，对天地水三官有特别崇拜。他通过组织起义，不仅动摇了晋室封建统治，还促使了南北朝时期对道教的改革和天师派的兴起。但是，《隋书·经籍志》记载的《孙恩集》已佚失。