孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，其字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一位世族。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾师从五斗米道首领杜子恭，并继承其法术，被人尊敬。东晋时期的官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊崇孙泰。
在隆安二年（398年），王恭之乱爆发，孙泰以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，与百余名信徒团结起来，以复仇为目的。在隆安三年，他趁着民心涣散的情况下，从海岛攻克上虞，然后破会稽，杀死了会稽内史和五斗米道徒王凝之。
随着民众的响应，“旬日之中，众数十万”，孙恩率领起义军占据了会稽八郡。他自称“征东将军”，设立官职，将跟随者称为“长生人”，并向朝廷请求处决会稽王及元显父子。但是，这场动荡也引来了重兵讨伐，最终导致他在隆安四至五年的战斗中失败。
最终，在元兴元年（402年）的三月，一次攻打临海失败后，孔回到了海中自沉身亡，而他的信徒们则认为他已经成为了“水仙”。尽管如此，他们继续追随卢循成为新的领导者，并在广州建立了一片势力范围，最终直到义熙七年才遭受失败。通过这段历史，我们可以看出孙恩不仅是一个宗教人物，也是一个政治上的重要角色，他对中国历史产生了深远影响，不仅推动了南北朝时期宗教改革，还促进了天师道和其他地方性的宗教传统的发展。而关于他的著作《孙恩集》虽然已佚，但仍然留给我们许多宝贵信息。