孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。叔父孙泰奉杜子恭为师后，受人敬信。东晋官员如孔道、桓放等都尊崇孙泰。隆安二年，爆发王恭之乱时，孙泰计划起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛，与数百名信徒筹划复仇。
随着民心骚动和“乐属”政策的实施，孙恩趁机率众攻克上虞、破会稽，并杀死会稽内史王凝之。此举激起八郡人民响应，“旬日之中，众数十万”。孙恩自称“征东将军”，建立政权，并请诛会稽王道子及其父元显。但谢琰率重兵讨伐，使得义军失利并最终撤退至海岛。
在此期间，一些信徒认为他已成“水仙”，投水而死，有百余人追随其去世。在卢循继承领导后，他继续组织反抗，最终在义熙七年失败。而作为五斗米道徒的信仰体系，其中相信长生久视的天地水三官及特别强调水仙的概念，对于当时以及之后的宗教发展产生了深远影响，如冠谦之、陆修静对古代宗教改革，以及南北天师道的兴起等。这一时期也见证了《隋书·经籍志》中的《孫恩集》被著录，但现已佚失。
