孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰曾是杜子恭的弟子，受人敬信。东晋官员如孔道、桓放、周勰等都尊敬孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰计划起兵讨伐，但被司马道子父子诱杀。他逃到海岛，并聚集了百余名追随者，以复仇为目的。在民心不稳定的情况下，孙恩趁机率军攻克上虞、破会稽，杀死会稽内史王凝之。他的起义迅速蔓延至八个郡，被称作“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。他请求处决会稽王道子和元显父子的罪行。
然而，由于内部矛盾和外部压力，加上谢琰率领的重兵对抗，他最终在隆安四年十二月自沉海中，其信徒则认为他已成为“水仙”。卢循继任领导，一度占据广州并北伐，最终在411年失败。此事件动摇了晋室封建统治，也促使了后来的道教改革和天师道的兴起。而关于孙恩的著作《孙恩集》五卷，在隋朝时已经佚失。
