孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾奉杜子恭为师，受人尊敬。在东晋时期，他的叔父孙泰不仅继承了杜子恭的法术，还被黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等所敬仰。
当王恭之乱爆发于隆安二年（398年），孙泰计划以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起事，但在司马道子父子的诡计下，被迫自杀，并且他的六个儿子也遭到了同样的命运。逃亡到海岛上的孙恩，汇集了一百多名信徒并决心为弟弟复仇。在隆安三年，当会稽王世子和扬州刺史司马元显发布免奴令“乐属”，移送京师充当兵役时，孙恩趁机率领着海岛上的追随者攻克上虞，并乘胜破坏会稽，将会稽内史及五斗米道徒王凝之击败。此举迅速获得了民众的响应，“旬日之间”有十万余人加入他的起义军。
由于这场叛乱席卷了八个郡——会稽、吴郡、吴兴、义兴、新安以及临海和东阳——孟郊对此写下：“盗贼处处蜂起”，人们普遍害怕这一事件可能引发更多动荡，因此内部外部都加强了戒备。当谢琰率重兵来攻击时，他们将妇女和婴儿投入水中，以便他们能够先行进入仙界，而她们随后就能跟进。
最终，在隆安四年十二月份，由于病毒流行导致大量死亡，以及给养短缺，加上疫情严重，这场叛乱逐渐衰弱，最终在402年的三月份，当他试图攻打临海失败后，他选择自沉于海中。他的信徒认为他已经成为了“水仙”，而从死者中有超过一百多人也尝试投水。而卢循继续领导着剩余的一些忠实追随者，最终在411年的七月底结束。这场由一个小小的农民起义发展起来的大规模叛乱，对整个朝代产生了深远影响，不仅推翻了皇权，而且促使社会改革，并引发了天师教派的出现。