在明清时期，道教医学得到了迅猛发展，这一时期的道教与医学关系更加紧密，许多道士精通道术且擅长医术。自明朝开始，许多道教医学的精华被融入中医理论和临床实践中，为传统医学理论的创新和养生学的繁荣提供了重要支持。
其中，最为显著的是命门理论、心肾相交理论的成熟，以及奇经八脉理论成为养生与临床指导思想。在这期间，一些名医将道教内丹术中的理念应用于医疗领域，对现代中医产生了深远影响。
例如，李时珍在编写《本草纲目》时，就参考了大量古代道教医学著作，其书中引用了40多种相关文献。兰茂所著《滇南本草》也是这一时期对本草学贡献的一个典型例子，他不仅精通医药，还对文学、戏曲、绘画等领域都有造诣，并撰写了一系列著作。
此外，孙一奎也以其融合道家哲学与医学观点而闻名，他认为习练“仙法”能帮助理解人体机能，从而在治疗疾病方面取得了一定的成就。他还提出命门——肾间动气论，对后世传统医学理论有着重要影响。
除此之外，如周慎斋提出了心肾相交、心肾不交概念；傅青主通过《傅青主女科》为妇科学做出了贡献；祝登元则以内丹炼养作为治疗手段，在临床上取得了一定成效。
总之，在明清时代， 道教与中医之间形成了一种独特的互动模式，使得两者共同促进了传统文化的繁荣。