在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切结合上，以及许多道士兼具医术。自明朝开始，道教医学的精髓被吸收进中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新以及养生学的繁荣。此时出现的心肾相交命门理论成熟，并且奇经八脉成为养生与临床指导思想。
明代见证了一批融合道教与医学思想的大师，他们对本草学产生了深远影响，如李时珍在编著《本草纲目》时参考了大量道教文献。兰茂所撰《滇南本草》也是这一现象的一个典型例子，他不仅精通医药，还涉猎内丹、文学、戏曲等多方面，对后世产生了显著影响。
《滇南本草》作为一部重要的地方性本草书籍，在植物学领域具有很高价值，被后来的植物学家如吴其浚引用。同时，孙一奎等人也受到了道教思想的启发，他们在基础理论创新上有着重要贡献，如孙一奎提出了命门——肾间动气论，对后世产生了影响。
此外，还有一些医家将道教内丹术融入到自己的医疗实践中，如周慎斋确立心肾相交理念，而祝登元则把内丹炼养作为治疗心因病症的手段。这一切都证明，明清之际，道教医学逐渐成为传统中医学不可或缺的一部分。