在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多医家兼具道术与医术。自明代起，道教医学的精髓被融入中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。其中，命门学说和心肾相交等理论得到了成熟，而奇经八脉成为养生与临床指导思想。
这段时期产生了一批结合道教医学思想的著名医家，他们对本草学、基础理论乃至临床实践都有重要贡献。例如，李时珍在编撰《本草纲目》时参考了大量道教医学著作；兰茂所编辑的地方性本草《滇南本草》也展现了道教对本草学影响；孙一奎则将道家的“仙修”理念应用于医学，对传统医疗理论做出了新的贡献。
此外，如周慎斋、傅青主及祝登元等人，也通过融合道教思想，为后世提供了宝贵的知识遗产。在他们看来，内丹炼养是治疗疾病的一种有效手段。这一时代，不仅推动了中医药事业向前发展，而且使得中国古代文化中的宗教哲学与科学技术更加紧密地结合起来。
