在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多道士兼具医术。自明朝开始，道教医学中的精髓被吸收进中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新以及养生学的繁荣。其中，最显著的是命门理论、心肾相交思想的成熟，以及奇经八脉理念成为养生与临床指导思想。
明代见证了一系列结合道教与医学知识的大师，他们取得了重要成就。在本草学领域，李时珍编撰《本草纲目》时参考了大量道教医疗著作，其中包含40多种关于药物的书籍。兰茂所编辑的地方性本草《滇南本草》也是这种影响的一个典型例子。他不仅精通医药，还对内丹修炼、文学、戏曲绘画和地理有深入研究。
《滇南本草》是中国古代地方性最丰富、保存最完整的一部专门针对植物治疗手册。这部作品详细记录了云南地区各种植物及其用途，并且为后世提供了一种救治疾病的手段。清代植物学家吴其浚在其名作《植物名实图考》及续编中引用了该书70条资料，从而证明了这部作品在科学界具有重要价值。
此外，孙一奎等人也因受到了道家的影响而对基础理论进行创新。他认为将道家的“天人合一”观念融入到医疗实践中，有助于更好地理解和治疗疾病。此外，他还提出了命门——肾间动气论，对传统医学理论做出了贡献。
总之，在明清时代，虽然有着许多不同的看法，但 道教医家们都试图通过融合不同文化元素来探索新的治疗方法，这些尝试不仅推动了当时的科研发展，也为后世留下宝贵遗产。
