在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在两方面：一是道教与医学的结合更加紧密，这个时候许多道门中人既精通道术又擅长医术；二是道教医学的精华被吸收到中医理论和临床实践中，促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。明代尤其是在命门学说、心肾相交学说的成熟，以及奇经八脉理论对养生与临床medicine指导思想影响深远。
李时珍在编著《本草纲目》时就参考了大量道教医学著作，《本草纲目》引用书籍达440家，其中有40多种为道书。顾景星评价李时珍：“其以神仙自命，岂偶然哉！”
云南地方性的本草学著作《滇南本草》，由兰茂编辑，是另一个代表着道教医学对本草学影响力的案例。兰茂字延秀，以“和光”、“玄壶子”自号，他不仅精通医药，还涉猎内丹养生、文学、戏曲、绘画等多个领域。
《滇南本草》是一部保存最完整的地方性本草学专书，它记录了大量关于植物性质、用途以及治疗方法。清代植物学家吴其浚在其名著《植物名实图考》、《植物名实图考长编》中引用了该书70条资料。
孙一奎作为一个典型的例子，他受到了 道家的影响，不仅将他自己的医术称之为“赤水玄珠”，还融入了一些内丹炼制法，如“宝珠丹”、“三妙丹”。他的这一观念对于后世产生了重要影响。
此外，还有一些其他融合道教医疗思想的人物也取得了一定的成就，如周慎斋提出了心肾相交论，傅青主撰写了妇科方面的重要文献，而祝登元则通过内丹修炼来治疗疾病。他们都对传统中国医疗体系做出了贡献，使得这段历史成为我们理解古代文化的一个窗口。