明清时期，道教医学得到了迅猛发展，其特点在于对道教与医学的深入融合。许多道士不仅精通道术，还擅长医术，这为中医理论的创新和养生学的繁荣提供了强有力的支持。其中，命门理论、心肾相交理论以及奇经八脉理论成为了养生与临床医学的重要指导思想。
此时期出现了一批集道教医学与医术为一身的人物，他们对本草学产生了重大影响。例如，李时珍编著《本草纲目》时，便参考了大量道教医学著作。这部作品中的书籍共计440家，其中含有40多种关于道家的书籍。顾景星曾指出李时珍以神仙自居，不是偶然之举。
兰茂所著《滇南本草》同样体现了道教医学对本草学的重要贡献。他不仅精通医药，还研究内丹养生术、文学、戏曲、绘画等多方面知识，并且撰写了许多著作。此书被誉为我国古代内容最丰富、保存最完整的一部地方性本草学专书。
孙一奎则是另一位受 道教影响较深的大夫，他认为习医者应参考“道理”，并将其视为提高医疗水平的手段。在他的名作《赤水玄珠》中，就提出了许多关于炼丹和药方的问题，这些观点对于后世产生了深远影响。他还阐述了命门——肾间动气论，对传统中医疗疗方法进行了一系列创新，为明代传统医学理论的发展做出了巨大贡献。
此外，还有一些其他人，如周慎斋、傅青主和祝登元，他们各自也在不同的领域内推动着医疗科学向前发展，使得明清时代成为中国传统文化与现代科学相结合的一个高峰阶段。在这一过程中，尽管存在一定程度上的宗派化，但总体上都旨在探索人类健康与长寿之谜，为后世留下宝贵财富。
