明清时期，道教医学得到了迅猛发展，其特点在于道教与医学的深入融合。许多道士不仅精通道术，还擅长医术。自明代开始，道教医学中的许多精髓被吸收进中医理论和临床实践之中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。此阶段最显著的成就包括命门理论、心肾相交论体系以及奇经八脉思想对养生与临床医疗的影响。
在本草学领域，明代的一些重要人物，如李时珍，在编写《本草纲目》时参考了大量古代关于药物的知识，其中包括多种来自于道教医学的资料。兰茂所著《滇南本草》也是这种影响的一个典型例子。这部书籍是中国古代内容丰富、保存完整的一部地方性本草学专著，并且对后世有着较高的地位和影响力。
此外，孙一奎等医家也受到了道教思想的大きな影响。在他的两部重要作品《赤水玄珠》和《医旨绪余》中，他结合了道家的自然观念，对传统医学做出了新的贡献。他还提出了命门——肾间动气论，并将其应用到实际治疗中，为后来的命门学说奠定基础。
总之，在明清时代，由于道教与现代医学之间更加紧密的联系，以及一些杰出的个人努力，不少优秀的人才将宗教学说的理念融入到医疗实践中，使得这段历史成为中国传统文化交流与融合的一个重要标志。