在明清时期，道教与医学的结合得到了显著发展，这一时期的道教医家不仅精通道术，也擅长医学，他们对中医理论和临床实践产生了深远影响。其中，命门理论、心肾相交理论的成熟，以及奇经八脉理论成为养生学与临床医学的重要指导思想。
李时珍在编撰《本草纲目》时，就参考了大量道教医学著作，其卷一《序例·引据古今经史百家书目》中所征引书籍共计440家，其中含有40多种关于道家的文献。顾景星评论说：“其（指李时珍）以神仙自命，岂偶然哉！”这说明了明代医者对于道教医学知识的重视和吸收。
兰茂是另一位融合道教内丹养生术和医药技艺的人物，他编辑的地方性本草学著作《滇南本草》，展示了他对植物分类、药物效用等方面的深入研究。他不仅精于治疗病症，而且在文学、戏曲、绘画等领域也有所造诣。
孙一奎则是明代的一位重要人物，他受到了罗浮道人指点，并将其理解融入到自己的医疗实践中。他的作品如《赤水玄珠》三十卷、《医旨绪余》二卷，对传统医学发展历史上具有重要的地位和影响。他认为习医者要参考“道理”，并通过援助仙方来治疗疾病，这体现出他对于道教内丹术的认同。
周慎斋确立的心肾相交论，为后世提供了一种新的看待生命活动方式；傅青主女科对后世妇科学临床具有很高价值；祝登元将内丹炼养作为主要治疗手段，是当时一种独特疗法。
总之，明清时代的 道教医家们不仅扩展了传统医学知识，还推动了新观念、新方法在医疗实践中的应用，使得中国传统医学达到一个新的高峰。