在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切结合上，以及许多医家兼具道术与医术。自明代起，道教医学的精髓被融入中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。其中，命门理论、心肾相交论以及奇经八脉论成为了养生与临床指导思想。
李时珍编撰《本草纲目》时，就参考了大量道教医学著作，其中包括40多种道书。这表明了明代对本草学领域中的道教影响深远。兰茂所编辑的《滇南本草》，也是这一影响的一个典型案例。在他的作品中，他不仅精通医药，还对内丹养生术、文学、戏曲、绘画等方面有所造诣。
《滇南本草》是一部保存最完整的地方性本草学专著，它为后世提供了丰富资料。而孙一奎则是受到了道家的影响而取得重要贡献的人物之一。他认为习医者应参考“道理”，并将其醫書命名為《赤水玄珠》。孙一奎还阐述了命门——肾间动气论，对于传统医学理论的发展做出了积极贡献。
此外，还有一些其他融合道教医疗思想的人士，如周慎斋、傅青主和祝登元，他们各自在不同的领域也有着重要的地位和影响力。在这个过程中， 道教医疗逐渐成为传统中医疗疗体系的一部分，为后来的现代医疗保健提供了一定的基础知识。