孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰，受杜子恭之教，为人敬信，其弟子孔道、桓放等皆尊之。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名私聚徒众，但事机未成，被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与百余名信徒定志复仇。在民心骚动的机会下，孙恩率众攻克上虞、破会稽，杀内史王凝之，并迅速获得八郡人民的响应，其起义军迅速扩张至数十万人。
孙恩自称“征东将军”，建立官职并号称“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到东晋政府的强烈反对，最终被谢琰率领的重兵讨伐。此战中，有妇女为了不留下婴儿而投水自尽，以示跟随先辈进入仙界。
最终，在隆安四年三月，由于给养困难和疫病流行，加上防御加强，起义军失去了继续战斗的能力。孙恩在临海失败后选择了自沉，而他的信徒们则认为他已经成为了“水仙”，随着他一起投入水中有百余人追随。
此次五斗米道起义虽然最终失败，但它却极大地影响了当时社会政治结构，也促进了道教内部改革，如冠谦之、陆修静等人的改革，以及南北天师道的出现。《隋书·经籍志》记载了《孙恩集》的存在，这本书已佚失。但是，它对于研究历史上的宗教与政治关系具有重要价值。此外，这场起义也展现了一个弱小民族在面对压迫和暴政时所表现出的坚韧不拔精神，为后来的抗争者树立了一座光辉榜样。
