孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名人物，字灵秀，其祖籍为琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的世族。孙恩的叔父孙泰奉杜子恭为师后，受人敬信。杜子恭死后，孙泰继承其道法，并受到朝廷官员如孔道、桓放之、周勰等人的尊敬。
然而，当王恭之乱爆发时，孙泰被诱杀及其六子也遭遇悲剧。随后，他的侄儿孙恩逃入海岛，与百余名信徒聚集，以复仇为目的。他趁着民心浮动的情况下，从海岛起兵攻克上虞，并破会稽，杀会稽内史与五斗米道徒王凝之。此举激起了八郡人民的响应，他们纷纷加入到他的起义军中。
随着势力的扩大，孙恩自称“征东将军”，并在会稽建立自己的政权。在这期间，他与谢琰率领的东晋重兵展开了一系列对抗，最终导致了他失败和自沉的事实。不过，由于他坚信长生久视之术，以及水仙传说，他的一些追随者相信他已经成为了“水仙”，甚至有数百人跟随他投入海中而亡。
此事件不仅影响了当时政治格局，也引发了对道教改革和北方天师道兴盛的一系列深远影响。而关于他的著作《孙恩集》则已失传，只在《隋书·经籍志》中留下记载。