孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。孙恩的叔父孙泰，受杜子恭为师后继传其道法，被人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐为名私合徒众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛聚众百余名，以复仇为志。在民心骚动的时机下，孙恩率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史王凝之。八郡人民响应，“旬日之间，其众数十万”。他自称“征东将军”，置官职号称“长生人”，上表请诛会稽王世子及元显父子。
随着内外戒严和重兵讨伐，浙东八郡起义军汇聚于会稽。在这过程中，一些妇女为了避免儿童成为战火中的牺牲，将婴儿投入水中并告别前去寻找仙堂。此后，谢琰率军击败许允之，并继续推进至钱塘江，而孟获则引导民众向东撤退，最终在隆安四五年间因给养困难和疫病流行而减弱力量。
最终，在元兴元年三月，由于临海战役失败而自沉的故事成为了信徒们认为他已成“水仙”的传说。而卢循所领导的义军虽然一度大举北伐，但最终在义熙七年失败。这场由五斗米道组织起来的起义，不仅动摇了晋室封建统治，也影响了南北朝时期对天师宗教产生深远影响，如冠谦之、陆修静等对天师宗教进行改革，以及南北天师宗教出现。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但现已佚失。