孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。出生于琅琊（今山东胶南县境南），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。其叔父孙泰，受吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师后，继承了他的法术，被人尊敬信仰。
在东晋隆安二年（398年）爆发的王恭之乱中，孙泰计划以讨伐王恭为名秘密聚集徒众准备起事，但未能成行便被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与数百名信徒一同决心为复仇而奋战。在隆安三年，他趁民心浮动之机，从海岛攻占上虞、破会稽、杀会稽内史王凝之，并迅速获得八郡人民的响应，其起义军迅速扩大至数十万人。
随后，孙恩自称“征东将军”，建立官职，并号其徒众为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到东晋政府的强烈反对。为了镇压此次起义，最终派谢琰率重兵讨伐，在激烈战斗中多次击败起义军头领，最终迫使孙恩退入海岛并自沉。
尽管如此，此次由五斗米道信仰所引发的巨大社会动荡，对当时的政治和宗教格局产生了深远影响，不仅推动了天师道等地方宗教组织的兴盛，也促进了古代中国宗教思想的一系列变革。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已失传成为历史遗迹。