孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，其字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族。叔父孙泰奉杜子恭为师，受人敬信。东晋官员如孔道、桓放之等都尊敬孙泰。隆安二年，爆发王恭之乱，孙泰以讨伐王恭为名私自聚众准备起事，但被司马道子父子诱杀。在逃亡期间，孙恩在海岛上聚集百余名信徒誓言复仇。
隆安三年，会稽王世子司马元显征调民众充兵役，这一政策激发了民心的不满。孙恩趁机率领群众攻占上虞、破会稽，并杀死内史王凝之。八郡人民响应，他的起义军迅速扩大至数十万人。这时，他自称“征东将军”，建立了自己的政权，并号称其信徒为“长生人”。他要求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到东晋政府的镇压。
谢琰率重兵讨伐，并成功击败起义军头领许允之和刘牢之。但随着战事继续进行，加上疫病流行和给养不足，“死者大半”。最终，在元兴元年三月，孙恩在临海失败后投水自尽，被他的信徒认为已成“水仙”，有百余人跟随他跳入水中。
尽管如此，一部分信徒推举卢循接替领导职位，他们继续战斗，最终占据广州并北伐直至义熙七年失败。作为五斗米道组织者之一，孙恩利用其宗教信仰动摇了当时的封建统治，同时也促进了后来的天师道改革。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但现已佚失。