孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖，字灵秀。他的家族世代信仰五斗米道，是永嘉南渡后的一支重要家谱。孙恩的叔父孙泰曾受杜子恭为师，继承其道法，并因其深厚的修行能力而受到朝廷官员敬重。
当王恭之乱爆发时，孙泰计划借机起义，但在被诱杀前未能实现。这次事件使得孙恩逃往海岛，与数百名追随者一起准备复仇。在会稽八郡民心骚动的情况下，孙恩率军攻克上虞、破会稽，并杀死了会稽内史和五斗米道徒王凝之。随着更多群众加入，他的力量迅速扩大，最终控制了八个郡。
作为“征东将军”，孙恩自立官职并建立了一套组织体系，其追随者称为“长生人”。他上表要求诛杀会稽王道子及其父子，但最终未能实现这一目标。东晋政府派谢琰率兵讨伐，而后经历一系列战斗，最终导致起义失败。当时，有报道指出，当时妇女为了避免儿童遭遇战乱，将孩子们投入水中，以便他们能够先达到仙界。
尽管面临困难和疫病流行，起义仍然持续到元兴元年（402）三月才宣告结束。当时，大批信徒认为他已经成为了水仙，便跟随他投入水中从事自尽，从而传说中的长生不老神话再次被人们所相信。而卢循继续领导余部，在广州取得胜利，但最终在411年的战役中失败。这场由五斗米道信仰激发的人民起义虽然以失败告终，却对南北朝时期产生了深远影响，为后来的天师道开辟了道路。此外，《隋书》记载有《孙恩集》五卷，但已失传。