孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他的字是灵秀，祖籍在琅琊（今山东胶南县境内），家谱世代崇奉五斗米道，是永嘉南渡时期的一支重要家族。他的叔父孙泰是杜子恭的弟子，后来继承了杜子恭的法术，在当地享有很高的人望。在东晋时期，有许多官员，如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等，都尊敬并侍奉孙泰。
然而，当王恭发动叛乱的时候，孙泰认为天命将尽，便以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起事，但未能成功，被司马道子父子诱杀。当时年轻的孙恩逃到海岛，与一百多名信徒一起决心为兄长复仇。在隆安三年，他率领这群人从海岛上攻打上虞，并顺利占领了会稽地区，对抗着当地的会稽内史王凝之。
随着民心不满和社会动荡加剧，“旬日之间”就有十万多人响应他的号召。这场起义迅速扩大到了包括会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、新安八个郡在内的大片区域。孙恩自称“征东将军”，建立了一套官职体系，将自己的追随者称作“长生人”。他还向朝廷提出要处死会稽王世子的父亲和元显，这些要求引发了朝廷对其及其支持者的强烈压制。
为了镇压这场起义，东晋政府派遣谢琰率领重兵进行讨伐。他先后攻克了义兴和吴兴地区，并最终击败了起义军头目许允之。此后，他继续推进至钱塘江附近，而孙恩则带着二十余万人口撤退至海岛。
尽管如此，这场反叛并没有完全平息下去，因为卢循被推举为新的领导者，并继续与官方势力对抗，最终在411年的北伐中失败。此外，由于信仰天仙水生的宗教观点以及对五斗米道组织结构的依赖，这次起义也间接促进了南北朝时期道教内部改革，以及新出现的南北天师道传统。《隋书·经籍志》中记载有关于孙恩集五卷的手稿，但已不可考。
