孙恩（？～402），东晋时期的五斗米道道士和起义军首领，字灵秀。他的家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一支世族。孙恩的叔父孙泰是五斗米道的传人，受到人们敬信。在东晋隆安二年（398），王恭之乱爆发，孙泰以讨伐王恭为名秘密集结部众，但最终被诱杀及六子。孙恩逃往海岛，与数百名信徒聚集，誓言为叔父复仇。
当司马元显免奴令乐属使民心骚动之际，孙恩趁机率众攻克上虞、破会稽、杀内史王凝之，并在短时间内获得了会稽八郡人民的大规模响应。他自称“征东将军”，建立官职，并号称“长生人”。随后，他上表要求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到了东晋政府的强烈反对。
为了平息这场叛乱，东晋派遣谢琰率重兵讨伐孙恩及其起义军。在激烈的战斗中，一些妇女甚至将婴儿装入囊袋投入水中，以便他们能够先行登仙堂，而自己则寻求与他们团圆。此战中的女性行为体现了当时社会成员对于未来世界观念以及死亡态度的深刻影响。
最终，在隆安四五年的战斗中，由于给养不足和疫病流行导致大量死者，最终导致了起义失败。根据记载，当时有百余人追随他投水而死，他们认为他已成为了“水仙”。
此次起义不仅动摇了晋室封建统治，还促进了一系列宗教变革，如冠谦之、陆修静等人物对天师道进行改革，以及南北朝时期天师道出现等重要事件。这段历史也被《隋书·经籍志》记载，其中《孙恩集》五卷已经失传。
