孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。出生于琅琊（今山东胶南县境南），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。其叔父孙泰受杜子恭为师，继承其道法，被人敬信。东晋官员孔、桓、周等都尊敬孙泰。
在王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名私自聚众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与数百名信徒相聚，誓死复仇。在民心骚动的背景下，他率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史王凝之，并迅速占领八郡人民群起响应。
孙恩自称“征东将军”，置立官职，将追随者称为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到东晋政府拒绝。于是内外戒严，而他的力量也逐渐衰退，最终在隆安四年十二月被谢琰击败并自沉海中。
尽管如此，其信仰深入人心，并影响了后来的天师道和其他宗教改革。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已佚失。不过，这段历史对理解当时社会政治环境以及宗教信仰的变迁具有重要意义。