孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军首领，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。叔父孙泰奉杜子恭为师后，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨王恭为名私合徒众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛，与百余名信徒立志复仇。在民心骚动的机会下，他率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史及五斗米道徒王凝之。这激发了八郡人民响应，“旬日之中，众数十万”，占领了会稽八郡，并自称“征东将军”，置官职，将部下称为“长生人”。
然而，这场起义遭到了谢琰率领的重兵讨伐。在连续战斗中，起义军损失惨重，有妇女甚至在投水自尽前告别家人说：“贺汝先登仙堂，我寻后就汝”。最终，在元兴元年（402）三月，被击败并自沉于海中的孙恩，被五斗米道信徒认为成为了“水仙”，从而导致更多信徒追随他投水而死。
此事件不仅动摇了晋室封建统治，也促使了陆修静等对天地玄宗法术进行改革，以及天师道的出现。此外，《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已佚失。