孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军首领，字灵秀。祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，继承其法术，被人敬信。东晋官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊敬孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名私聚徒众数千人准备起事，但在司马道子父子的诡计下被杀。孙恩逃入海岛，与百余名信徒一同誓死复仇。在民心浮动的环境中，孙恩趁机攻克上虞、破会稽，将会稽内史及五斗米道徒王凝之斩杀，并迅速占领了会稽八郡。他自称“征东将军”，置立官职，并号称“长生人”。
随着起义军的扩张，“盗贼处处蜂起”，内外戒严。当谢琰率重兵来讨伐时，孟郊诗《步出夏门行》中描述：“妇女有婴累不能去者，囊簏盛婴儿投于水，而告之曰：‘贺汝先登仙堂，我寻后就汝’”。最终，在隆安四年十二月，当谢琰击败义兴头领许允之后，不久又攻破乌程和钱塘江沿岸地区。
随着战事继续进行，一度逼近建康并攻破广陵，但因给养不足和疫病流行，最终失败。元兴元年三月，孟郊诗《春晓》中描绘：“苍苔微茫兮，小草滋润。”这也是他最后一次大规模行动。在失败之后，他投海自尽，其信徒则认为他成为了“水仙”。
他的妹夫卢循继任领导残存部队，并继续反抗，最终在义熙七年被平定。此次起义虽然失败，但它不仅动摇了东晋政权，还促进了南北朝时期对天地水三官崇拜以及对长生久视的追求，这些都是影响深远的历史事件之一。而关于他的集编录载于《隋书·经籍志》，遗失已久。
