孔宗愿，四十六世祖，以字称子庄，是孔延泽之子，也是著名的孔子四十六代孙。关于他的生卒年月则不得而知，但他与四十六代文宣公孔圣佑之间存在着叔侄关系，且在圣佑早逝后无嗣，他便袭爵继承了这一职位。
在北宋仁宗天圣年间，孔宗愿因其从父孔道辅在朝廷中的功绩，被授予太庙斋郎一职。仁宗宝元二年的某一年（1039年），他又被任命为国子监主簿，并获得了文宣公的封号，同时还担任仙源县知事一职。这一时期曲阜县曾经一度更名为仙源县。
仁宗至和二年的某一年（1055年），孔宗愿直接管理集贤院。在此期间，他上书皇帝，提出了对历代对于孔子的封号以及嫡裔继承人的混乱问题，以及建议采纳汉代旧制，将衍圣公之位授予作为康颇第四十四世孙的自己。他这次提议最终得到了批准。此后，他又担任尚书比部员外郎、通判潍州等官职，最终在官途中去世。
自此之后，由于他的努力，这个衍圣公的封号便一直由嫡长孙持有，一直持续到八百余年。