孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东胶南县境内），家族世代奉行五斗米道，属于永嘉南渡后的世族。孙恩的叔父孙泰是杜子恭的弟子，后来继承了杜子的道法，并受到朝廷官员如孔道、桓放之、周勰等人的敬仰。
在王恭之乱爆发时，孙泰计划以讨伐王恭为名私下起事，但最终被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，聚集了一百多人，以复仇为目的。他趁着民心涣散和朝廷调兵役的机会，在上虞发起叛乱，最终攻占会稽并杀死会稽内史王凝之。他的起义迅速蔓延至吴郡、吴兴、义兴、临海、新安等八个郡，他自称“征东将军”，建立了自己的政权，并号称其追随者为“长生人”。
然而，这场大规模的农民起义最终因内部矛盾和外部压力而失败。在与谢琰率领的东晋官军交战中，尽管有信徒投水效忠，但由于给养不足和疫病流行，加上政府加强防务，使得起义力量逐渐瓦解。在元兴元年（402）三月，当他进攻临海失利后，便选择了自沉 海中，其信徒则认为他已成为了“水仙”。卢循接替孙恩成为新领袖，但最终也未能改变命运。
作为一个坚定信仰五斗米道的人物，孙恩组织的这次大规模反抗不仅动摇了当时封建统治，也促使了后来的冠谦之、陆修静对天师道改革以及南北天师派产生影响。此外，《隋书·经籍志》还记载有《孙恩集》，但已佚失。