孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军首领，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。叔父孙泰奉杜子恭为师后，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨王恭为名私合徒众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛，聚众百余名，以复仇为志。在民心骚动的机会下，他率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史及五斗米道徒王凝之。
八郡人民响应，“旬日之中，众数十万”。孙恩占领了八郡自称“征东将军”，置立官职，将部下称为“长生人”，并请诛会稽王道子和元显父子。但谢琰率重兵讨伐后，他率男女二十余万口退入海岛。
随后义军与官军继续激战，并一度逼近建康，最终因给养困难和疫病流行而失败。元兴元年三月，孙恩进攻临海失败後自沉于海，被五斗米道徒认为已成“水仙”，投水者百余人。此事件也引发了对五斗米道信仰的深刻影响，为之后的天师教奠定基础。而卢循继承他的遗志，一度大举北伐，最终在义熙七年（411）失败结束了这场起义。