在明清时期，道教医学经历了显著的发展，其特点体现在与医学关系的加深以及许多道门中人的医术造诣。自明代起，道教医学中的精华被融入到中医理论和临床实践中，这推动了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。在这期间，命门理论、心肾相交等概念得到了成熟，并且奇经八脉成为养生学与临床医疗的指导思想。
明代见证了一批将道教医学思想融入医学领域的大师，他们对本草学产生了巨大的影响。李时珍在编撰《本草纲目》时参考了大量道教医学著作，而兰茂所著《滇南本草》则是这一领域的一个典范。他不仅精通医药，还涉猎内丹养生、文学、戏曲、绘画和地理，对其所著多有贡献。
《滇南本草》作为一部保存最完整的地方性本草学专书，在植物学研究上具有重要价值。清代植物学家吴其浚在其名作《植物名实图考》及续编中引用了该书70条资料。此外，孙一奎以其受道教影响而提出的“命门——肾间动气论”对传统中医疗疗观念产生了重大影响，他还提出了命门之义，与儒家的太极、道家的玄牝相似。
此外还有其他一些将道教思想融合于自身医术的人物，如周慎斋确立的心肾相交理论，以及傅青主和祝登元等人对后世妇科学和心因病治疗方面做出贡献。
随着时间的推移，道教医学逐渐成为传统中国醫學的一部分，它为后来的醫學發展提供了一股强大的能量。
