孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境内），家族世代崇奉五斗米道。孙恩的叔父孙泰是永嘉南渡时期的一位受人尊敬的五斗米道师傅，他继承了杜子恭的法术，并在东晋官员中享有很高的地位。
当王恭之乱爆发时，孙泰利用讨伐王恭为名，私下聚集了一千多名信徒准备起义，但最终被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与少数信徒组成了复仇队伍。在民心浮动的情况下，孙恩趁机攻克上虞、会稽等地，最终控制了八个郡中的七个，号称“征东将军”，建立自己的政权。
然而，这场起义并未长久持续。后来，谢琰率领重兵讨伐，并成功击败了起义军头领许允之。此后，孙恩带着二十余万人口退入海岛，最终在隆安四年三月自沉于临海失败。这次事件虽然以失败告终，但它对后来的社会产生了深远影响，不仅推动了北方各地农民起义，也促进了道教内部改革和天师派的兴盛。
《隋书·经籍志》记载，有一部《孙恩集》五卷，但已遗失不存。