孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，其字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一位世族。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾师从五斗米道首领杜子恭，并继承其法术，被人尊敬。东晋时期的官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊崇孙泰。
在隆安二年（398），王恭之乱爆发，孙泰计划以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起事，但被司马道子父子诱杀。随后，孙恩逃到海岛，与几百名信徒组织反抗。此时会稽王世子、扬州刺史司马元显发布免奴令，让民众去充当兵役，被称为“乐属”，这激发了民心不满。
当司马元显父子的行为引发民愤时，孙恩趁机率领部下攻克上虞，然后再破会稽城，将会稽内史及五斗米道徒王凝之杀死。这一胜利迅速得到八郡人民的响应，他们聚集起来支持孙恩。短时间内，他领导的人数达到十万多人，他自称“征东将军”，建立了一套官职体系，并号称他的追随者为“长生人”。他向朝廷提出要处死会稽王和元显父子，但未果。
为了镇压这场叛乱，东晋派谢琰带着重兵前往对抗。在战役中，一些妇女因婴儿而不能跟随，她们将孩子装入囊袋投入江水，而告诉他们：“我先走一步，你们以后就跟我来。”最终，在隆安四年十二月份，谢琰成功击败了起义军头目许允之，并继续推进至吴兴地区。
然而，这场冲突并没有结束。在接下来的一段时间里，不断有新的战斗发生，其中包括一次攻打临海失败之后，据说是因为他已成“水仙”而自沉海底。他的信徒认为他已经达到超脱尘世的境界，从此成为神仙之一。但实际上，这也导致了更多忠实信仰者失去了生命，最终导致整个起义行动瓦解。而卢循继任成为新领袖，以后的故事便是如何坚持下去直至最终失败的一个过程。
关于这个人物，我们知道的是他所领导的五斗米教相信长生久视以及天地水三官，以及特别强调水仙这一概念。他通过组织起义，对于动摇了晋室封建统治，也促使了南北朝时期对道教进行改革，同时催生出天师道这一宗派。而《隋书·经籍志》中记载有《孟贼集》但已散佚，无从考证其内容详细情况。不过，这个历史人物对于研究中国古代宗教思想和社会动荡具有重要意义。