孙恩（？～402），东晋五斗米道的高人和起义军的领袖。他出生于琅琊，家族世代奉行五斗米道，是永嘉南渡后的一族。孙恩的叔父孙泰曾受杜子恭为师，杜子恭死后，孙泰继承了他的法术，并因而受到人们敬仰。在东晋时期，他的叔父与黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都有交往。
当王恭之乱爆发时，孙泰计划起事，但被司马道子父子诱杀。随后，孙恩逃到海岛上，与数百名信徒一同寻求复仇。他们趁着民心浮动的情况下，从海岛上攻克上虞，再破会稽，杀掉会稽内史和五斗米道中的王凝之。这次行动激起了八郡人民的大规模响应，他们迅速聚集起来，一时间人数达到十几万。
孙恩自称“征东将军”，在会稽建立政权，并设立官职。他号称自己的信徒为“长生人”，并要求诛杀会稽王道子和元显父子。但是，由于内部矛盾加剧，以及外界对他的威胁，最终他不得不率领部队撤退到海岛。
在接下来的几年里，他继续领导起义军与东晋政府作战，但最终在402年三月的一个战斗中失败身亡。他的信徒认为他已经成为了水仙，因此投入水中而死，有过百余人跟随其去世。这场由五斗米道组织的起义虽然失败，但它对中国历史产生了深远影响，不仅推动了社会经济变革，也促进了南北朝时期宗教改革，如冠谦之、陆修静等人的活动，以及天师道的兴盛。此外，《隋书·经籍志》还记载了一部关于孙恩作品《孙恩集》的著作，但现在已然失传。