孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾师事五斗米道首领杜子恭，并继承其法术，被人尊敬。东晋时期的黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都礼节待之。
在隆安二年（398年）的王恭之乱中，孙泰认为晋朝将要灭亡，便以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起义，但未能成行，被司马道子父子诱杀。在逃往海岛后，孙恩聚集百余名信徒，以复仇为目的。
随着民心不满和社会动荡，隆安三年，当会稽王世子、扬州刺史司马元显发布免奴令并移京师充兵役时，孙恩趁机率军从海岛攻克上虞，再破会稽，并杀死了会稽内史及五斗米道徒王凝之。这一事件迅速引发了民众的响应，“旬日之间”有十万多人加入起义军。
起义军占据了会稽八郡，而孙恩自称“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。他向东晋政府提出诛杀会稽王及其父子的要求，但遭到了拒绝。为了镇压这次叛乱，东晋派遣谢琰带领重兵前往对抗。
经过一系列战斗，最终在隆安四至五年的某个时间点，大批起义军成员因为给养短缺和疫病流行而死亡。当元兴元年（402年）三月，一场最终失败的战役之后，Sun En选择自沉于海中，其信徒则相信他已经成为了“水仙”，并纷纷跳入水中寻找他的灵魂。
尽管如此，这场由Sun En领导的反抗行动对当时社会产生了深远影响，不仅动摇了江南地区封建统治，还促进了天师 道教思想的发展，以及北方天师道与南方地藏教之间的一些改革。此外，《隋书·经籍志》记载有《Sun En 集》的存在，但该文本已佚失。