孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东胶南县境内），家族世代奉行五斗米道，受永嘉南渡后的世族影响。孙恩的叔父孙泰是杜子恭的弟子，并继承了其教法，被人尊敬。
在东晋隆安二年，王恭之乱爆发时，孙泰利用讨伐王恭为名私自聚集众人准备起事，但最终被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，与数百名信徒一起计划复仇。在隆安三年，他趁着民心浮动的情况下率领部队攻克上虞、会稽等地，最终控制了八个郡。
随后，孙恩自称“征东将军”，建立官职，并号称自己的追随者为“长生人”。他向朝廷提出诛杀会稽王和元显父子的要求，但遭到了拒绝。为了应对不断增长的反抗力量，东晋政府派遣谢琰率军镇压起义。
在多次战斗中，虽然有部分起义军头领被击败或阵亡，但剩余的人口依然坚持抵抗。直至隆安四五年间，由于给养短缺、疫病流行及防御加强，加上内部矛盾和分化，最终导致起义失败。在此期间，一些信徒相信孙恩已经成仙，从而投水自尽，其余残留的人口继续寻找新的领导人物以维持斗争。
作为五斗米道的一员，孙恩深信长生久视之术，以及天、地、水三官的崇拜。他通过组织这场大规模叛乱，不仅动摇了江南政权，也促进了当时宗教改革，如冠谦之与陆修静对天师道的影响，以及南北朝时期宗教变革中的其他发展。此外，《隋书·经籍志》中记载有一本《孙恩集》，但已佚失。
