孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。出生于琅琊（今山东胶南县境南），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。其叔父孙泰受杜子恭为师，继承其道法，被人敬信。东晋官员孔、桓、周等都尊敬孙泰。
在王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名私自聚众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，与数百名信徒商议复仇。在民心浮动的机会下，孙恩率众攻克上虞、破会稽，杀内史王凝之，并得八郡人民响应。
随着势力的扩大，孙恩称“征东将军”，置官职，其部属称“长生人”。他向朝廷请斩会稽王及元显父子，但遭谢琰率军反击。最终，在隆安四五年间因给养困难和疫病流行而失败，他在元兴元年三月自沉海中，其信徒认为他成为了水仙，有百余人跟随投水而死。
此次起义不仅影响了江南地区的封建统治，也促使了道教内部改革，如冠谦之、陆修静对天师道的发展，以及后来的南北天师派出现。而《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已散佚。