在明清时期，道教医学得到了迅猛发展，这一时期的道教与医学关系更加紧密，许多道士精通道术且擅长医术。自明朝开始，许多道教医学的精华被融入中医理论和临床实践中，为传统医学理论的创新和养生学的繁荣提供了重要支持。
其中，最为显著的是命门理论、心肾相交理论的成熟，以及奇经八脉理论成为养生与临床指导思想。在这期间，一些名医将道教内丹术中的理念应用于医疗领域，对于当时的医疗实践产生了深远影响。
李时珍在编写《本草纲目》过程中，就参考了大量古代包括道教医学在内的一些书籍，其中包含40多种关于本草学方面的书籍。这表明，在这一阶段，本草学已经融合了不少来自道家的知识。
兰茂是另一个代表人物，他编辑了一部地方性本草《滇南本草》，该书内容丰富而保存完整，是我国古代地方性本草学专著之一。兰茂不仅精通医药，还涉猎文学、戏曲、绘画等多个领域，其作品颇受推崇。
孙一奎则是以其对命门——肾间动气论有着独特见解而闻名。他将唐末五代以来关于肾命门认识引入医学，并阐述命门之义“犹如儒之太极，道之玄牝也”，对传统医学理论产生了重大影响。他的两部重要医著《赤水玄珠》和《医旨绪余》在传统医学史上占有一席之地，并且他通过援仙入医，将一些丹方及炼制法引入到医疗实践中，这也是明清时代的一大特色。
此外，如周慎斋提出了心肾相交、心肾不交这个生理病理观点；傅青主撰写了《傅青主女科》，后世妇科学临床有着重要参考价值；祝登元则以直接把内丹炼养作为治疗手段来治疗心因性疾病，也展现出了一种新的治疗思路。
总体来说，在明清时代，虽然由于宗教学说的兴起导致一些人认为要远离尘世，但同时也有很多人通过学习和研究结合宗教学说来改善生活质量并提高自身修为，这对于当时社会文化乃至整个中国历史都具有不可忽视的地位和意义。
